El cese por invalidez se tramita por un expediente generado en la Dirección de Calidad Laboral, que dictamina por junta médica si corresponde y consecuentemente el grado de incapacidad. Luego incumbe al IPS la determinación del derecho previsional mediante una segunda junta médica; lo cual determina el grado de invalidez y la fecha de cese.

Posteriormente el expediente es girado a la Dirección Provincial de Asesoramiento Jubilatorio y Certificaciones a fin de registrar el cese, certificar servicios y el acto resolutivo correspondiente. Finalizadas las actuaciones, se disponibiliza la certificación, actas de junta médica y resolución de cese en el propio expediente o bien puede solicitarse a través del sistema de seguimiento de consultas y reclamos GLPI.